Daß Shiita nicht nur einen Levitationsstein besitzt, sondern auch sonst kein normales Waisenmädchen ist, hat sich bei den entsprechenden Leuten schnell herumgesprochen. Als die Geschichte anfängt, ist sie Gefangene des undurchsichtigen Muska, der sie in einem riesigen Luftschiff (eine Spezialität von Miyazaki) irgendwohin befördern will. Doch hinter Shiita sind auch Ma Dolas Piraten her, und greifen Muskas Zeppelin an.

Es geht ziemlich zur Sache, und Shiita nutzt die Gelegenheit, Muska und seinen Leuten zu entfliehen. Erst klettert sie aus dem Fenster, dann verliert sie den Halt und stürzt in die Tiefe. Zum Glück hat sie aber vorher schnell noch Muska ihren Levitationsstein abgenommen, und so stürzt sie nicht zu Tode. Sie verliert zwar das Bewußtsein, schwebt aber, in geheimnisvolles blaues Licht getaucht, sanft wie eine Feder Richtung Boden.

Der Junge Pazu lebt in einer kleinen Bergbaustadt am Rande zahlreicher Minen und Gruben. (Miyazaki und seine Leute sind extra dafür nach Wales gefahren, um so eine Landschaft im Original besichtigen zu können.) Er arbeitet als eine Art Junior-Maschinist und ist zuständig unter anderem für den Aufzug, der die Bergleute morgens nach unten und abends wieder hoch holt.

An diesem Abend geschieht aber etwas sehr ungewöhnliches, denn ein Mädchen kommt vom Himmel herabgesunken. Es ist bewußtlos. Pazu fängt es auf und bringt es, nachdem seine Arbeit zuende ist, in das Häuschen, das er allein mit seinen Tauben bewohnt.

Die Leute im Dorf sind recht nett, aber sie haben überhaupt keinen Sinn für Pazus Träumereien. Und ein Mädchen, das wie ein Engel von Himmel herabgeschwebt ist, interessiert keinen. Außer den Piraten, die bereits dabei sind, die Gegend abzusuchen.

Am nächsten Morgen erwacht Shiita also in Pazus Bett, während Pazu gerade seine Tauben eine Runde drehen läßt und vom Dach aus die Stadt mit einem kleinen Trompetenkonzert zum neuen Tag ruft.

Die beiden verstehen sich auf Anhieb, nur wundert Shiita sich, warum sie überhaupt noch lebt. Der Levitationsstein wird in ihrer Familie von Generation zu Generation vererbt, doch das Wissen um seine Bedeutung ist längst verlorengegangen.

In der Halle unter Pazus Haus fällt Shiita ein Bild auf, das mit "Laputa" untertitelt ist. Pazu erzählt ihr, sein Vater habe das fotografiert, vor langer Zeit von einem Ballon aus. Alle haben ihn ausgelacht und ihm (trotz des Bildes) nicht geglaubt, doch Pazu war immer fest überzeugt, daß es die Stadt in den Wolken wirklich gibt. Und er ist eisern entschlossen, sich ein Flugzeug zu bauen und eines Tages dorthin zu gelangen.

Doch die Zeit wird bereits knapp, denn die Piraten sind im Anrücken. Pazu und Shiita können sie austricksen, allerdings nur für kurze Zeit, die sie nutzen, um sich in die Stadt abzusetzen. Dort sind auch schon zwei der Piraten. Unvorsichtigerweise verrät Shiita sich, doch die Piraten kommen nicht zum Zuge, weil die Dorfbewohner, vor allem Pazus muskelbepackter Boss, sich mit ihnen eine ordentliche Prügelei liefern. Ma Dolas Leute sind dort ebenso bekannt wie unbeliebt. Shiita und Pazu entkommen also erneut, doch dann taucht die überaus resolute Ma Dola auf, holt ihre Männer ab, schmeißt ein paar Handgranaten und macht sich persönlich an die Verfolgung.

Pazu und Shiita sind auf einen Zug aufgesprungen, der auf einer Hochbrücke an die hundert Meter über Grund fährt. Die Verfolgungsjagd wird mehr als abenteuerlich und führt zum Einsturz der kompletten Brücke immer dicht hinter Ma Dola oder Pazus Eisenbahn. Und dann taucht auch noch das Militär mit einem Panzerzug auf. Es sind die Typen um Muska, die Shiita schon einmal in Gefangenschaft hatten. Sie eröffnet das Feuer. Ma Dola muß sich schließlich zurückziehen, und Pazu und Shiita stürzen in die Tiefe. Voller Spannung verfolgt Dola den Fall, und tatsächlich sieht sie, kurz bevor Shiita und Pazu den Grund erreichen, ein helles blaues Glühen. Sie ist hingerissen.

Shiita und Pazu landen aber nicht auf dem Boden, denn zufällig ist unter ihnen der Schacht einer Mine, und sie sinken tief ins Innere des Berges. Unten angekommen, erlischt das blaue Leuchten schließlich wieder, und sie finden sich in einer fast märchenhaften Höhlenwelt wieder.

Zum Glück hat Pazu nicht nur eine Lampe, sondern auch was zu Essen dabei, und so machen die beiden es sich erst mal gemütlich. Bis plötzlich ein seltsames altes Männchen namens Pomu auftaucht. Shiita fürchtet sich, doch Pazu kennt den Alten, der anscheinend hier unten lebt und den Berg kennt wie kein zweiter. Wenn man das Licht ausmacht, sieht man in den Felsen zahllose kleine Fünkchen wie Sterne leuchten. Pomu zerschlägt dann einen Stein und zeigt den beiden das blaue Licht, das in ihm wohnt, aber rasch vergeht, wenn die Oberfläche an die Luft kommt.

Shiita zeigt Pomu daraufhin ihren Levitationsstein, und der Alte ist völlig ergriffen. Er hat so einen Stein noch nie zuvor gesehen, erkennt aber sofort, was es ist. Seit Menschengedenken kann niemand mehr so etwas herstellen. Nur das Volk von Laputa hatte diese Macht, und ließ damit seine Stadt am Himmel schweben. Und immer, wenn Laputa über diesen Felsen einherflog, begannen die Steine zu glühen.

Pazu ist entzückt: Laputa gibt es also doch! Doch Pomu warnt die beiden: dieser Stein hat große Macht. Er kann Glück, aber auch Verheerung bringen. Dann schickt Pomu die beiden wieder nach draußen. Aufgeregt beichtet Shiita Pazu, daß sie mit diesem Stein von ihren Vorfahren auch einen Namen geerbt hat: Lushiita Toel Ur Laputa. Pazu ist ganz aus dem Häuschen, als er das hört.

Ihre Freiheit können Shiita und Pazu aber nicht lange genießen, denn Muskas Leute haben auf sie gewartet und fangen sie ein.

Die beiden landen dann in einer mächtigen Festung. Nominell wird sie von dem General Muoro befehligt, doch der wahre Chef ist Muska. Shiita wird fast wie eine Prinzessin behandelt, Pazu hingegen landet im Kerker. Ganz überflüssig ist er aber nicht, denn Muska erpreßt Shiita mit ihm.

Zuerst zeigt er ihr aber sein großes Geheimnis. Vor langer Zeit stürzte ein Roboter vom Himmel und zerschellte auf einem Acker. Für Wissende war dieser Roboter der Beweis, daß Laputa noch existiert. Und die Überreste dieser beeindruckenden Maschine liegen nun erloschen in der Festung in einem tiefen Kellergewölbe.

Shiita ist erschrocken. Muska soll den Stein behalten, wenn er will, aber er soll sie und Pazu wieder freilassen. Doch so einfach ist die Sache nicht. Muska erzählt ihr, Laputa sei immer noch eine Gefahr für die Menschen, und er brauche ihre Hilfe, um diese Bedrohung zu beseitigen. Shiita ist in der Tat der Schlüssel zu Laputa, denn der Levitationsstein funktioniert nur in ihrer Hand. Der Deal ist ganz einfach: Muska läßt Pazu laufen, wenn Shiita ihm gibt, was er will: sie soll ihn zu Laputa führen.

Muska kennt nicht nur Shiitas wahren Namen, sondern er weiß im Gegensatz zu ihr auch dessen Bedeutung: Lushiita, wahre Königin von Laputa.

Der Plan geht zunächst auf: Pazu bekommt ein paar Goldstücke in die Hand gedrückt - für ihn ein Vermögen - und wird dann rausgeworfen, Shiita bekommt den Stein und soll ihn nun mit einem ihrer Zaubersprüche aktivieren.

Pazu muß davonausgehen, Shiita nie wieder zu sehen. Traurig schleicht er in sein Dorf zurück. Doch in seinem Haus erwartet ihn eine Überraschung: Ma Dola. So schnell gibt sie nämlich nicht auf. Aber sie hat noch mehr Eisen im Feuer: sie kann nämlich Muskas Funksprüche abhören. Und da erfährt sie interessante Dinge über seine Pläne. Muska hat ein riesiges Kampf-Luftschiff namens Goliath angefordert. Es ist schon auf dem Weg, und für den Dola-Clan wird die Zeit knapp. Die Piratin befiehlt den sofortigen Aufbruch.

Pazu faßt sich ein Herz und bittet sie mitkommen zu dürfen. Denn er will Shiita unbedingt retten. Und weil Ma Dola auch eine romantische Ader hat, nimmt sie Pazu mit. Und schon geht es los. Mit vier Libellengleitern machen die Piraten sich auf den Weg.

Shiita hat die Nacht über vor sich hingedöst und an ihre Mutter gedacht. Ohne besonderen Grund murmelt sie schließlich einen der Zaubersprüche, die sie von ihren Vorfahren gelernt hat. Und damit bricht die Hölle los. Der Levitationsstein leuchtet grell auf, Shiita erschrickt zu Tode, und im Verließ erwacht der Roboter. Es ist noch genug von ihm übrig, um aktionsfähig zu sein, und er macht sich sofort auf den Weg nach oben. Da er über verheerende Waffen verfügt und sogar flugfähig ist, haben Muska und die Soldaten nicht den Hauch einer Chance, ihn aufzuhalten.

Es gibt schließlich ein mit äußerster Härte geführtes Duell zwischen dem Roboter, der Shiita beschützen will, und den Soldaten, die ihn mit schweren Geschützen beschießen. Stück für Stück legt der Roboter die Festung in Schutt und Asche. Nur Muska behält einigermaßen die Übersicht, während Shiita den Stein verliert, dafür aber in einer halsbrecherischen Aktion von Pazu gerettet wird.

Der Levitationsstein ist aktiviert und hat einen blauen Lichtstrahl unverrückbar auf das ferne Laputa gerichtet. Muska braucht Shiita also nicht mehr und macht sich mit dem General in dem Luftkampschiff sofort auf den Weg, heimlich verfolgt von Ma Dola mit Pazu und Shiita an Bord ihres Luftschiffes Tigermotte.

An Bord ist Shiita für Aschenputtel-Arbeiten vorgesehen, doch die packt sie entschlossen an, und erobert im Nu die Herzen der Piraten, die sich schließlich darum reißen, ihr helfen zu dürfen.

Und Pazu darf das machen, was er sowieso am liebsten macht, nämlich im Maschinenraum helfen.

In der Nacht muß Pazu ins Krähennest. Shiita bekommt das mit und begleitet ihn dorthin, wo die beiden eine kleine Romanze miteinander haben. Dazu paßt auch das Ambiente: das Flugschiff schwebt dicht über den Wolken, und über sich haben die beiden den nächtlichen Sternenhimmel. Pazu verspricht Shiita, wenn alles vorbei ist, sie zurück in ihre Heimat Gondoa zu bringen.

Da taucht unter der Tigermotte Goliath auf und eröffnet ohne lange zu zögern das Feuer. Das Piratenschiff kann sich gerade noch in die Wolken retten.

Um nicht die Orientierung zu verlieren, wird das Krähennest jetzt ausgefahren. Es ist nämlich ein Gleiter und kann an einem Seil hinter oder schräg über dem Schiff hergezogen werden, so daß dieses in den Wolken in Deckung bleibt, während Pazu und Shiita oberhalb der Wolken sind und sehen, wohin sie fliegen.

Dieser Flug wird allerdings gefährlich, weil ein Sturm aufzieht. Allerdings kein gewöhnlicher. Tatsächlich ist das Schiff bereits ganz in der Nähe von Laputa, und diese schützt sich mit einer undurchdringlichen Wolken- und Sturmbarriere, dem Drachennest, das schon Pazus Vater erwähnt hatte. Ma Dola und Pazu erkennen, auf was sie da gestoßen sind. Nur können sie nicht eindringen. Zu allem Unglück erscheint auch Goliath wieder und brät der Tigermotte eins über. Pazus Gleiter wird losgerissen und treibt hilflos im Wirbelsturm davon.

Nach einem abenteuerlichen Sturzflug finden Pazu und Shiita sich auf einer seltsamen, von Gras und Blumen bewachsenen Ebene wieder, die von einem riesigen Baum beherrscht wird. Alles ist friedlich. Sie haben es geschafft. Sie haben Laputa erreicht! Erst mal feiern sie ihren Erfolg.

Plötzlich taucht einer der riesigen Roboter auf. Doch auch dieser ist friedlich. Er räumt nur den Gleiter beiseite, weil er auf ein Vogelnest gefallen ist.

Außer diesem Roboter und ein paar Vögeln scheint es auf Laputa keinerlei Bewohner zu geben. Alles erscheint eher wie ein wild wuchernder Urwald. Und in seinem Zentrum steht der riesige Baum. Davor treffen sie weitere Roboter, doch sie sind alle erstarrt und mit Pflanzen überwuchert. Der Roboter von vorhin taucht wieder auf und gibt Shiita zur Begrüßung eine kleine Blume. Einige Fuchseichhörnchen, von denen auch eins in Naushika vorkommt, turnen vergnügt auf ihm herum.

Der paradiesische Friede währt aber nicht lange. Eine gewaltige Explosion erschüttert die gesamte fliegende Stadt: Muska und die Soldaten sind angekommen. Die Piraten haben sie als Gefangene dabei. Rücksichtslos sprengen sie sich den Weg zu den Schätzen frei, und sie werden auch fündig. Sie finden mehr Gold, Juwelen und Diamanten, als sie tragen können. Der General ist ganz aus dem Häuschen vor Gier. Doch deswegen ist Muska nicht gekommen.

Pazu und Shiita beschließen jedenfalls, etwas zu unternehmen. Sie müssen eine abenteuerliche Kletterpartie machen. Dabei fällt Shiita Muska und seinen finsteren Leuten in die Hände, Pazu kann aber entkommen, und schafft es sogar, Ma Dola heimlich zu befreien. Dann macht er sich daran, auch Shiita wieder herauszuholen. Ma Dola hat ihm dafür einen handlichen Granatwerfer gegeben.

Muska hat inzwischen Shiitas Arme gefesselt, seine Knechte entsorgt, und dringt mit ihr und dem Stein, der er ja immer noch hat, weiter zum Zentrum der Festung vor. Der Levitationsstein ist der Schlüssel, um die Macht Laputas zu beherrschen. Und darauf hat Muska es abgesehen. Er ist nicht erfreut zu sehen, daß der riesige Baum seine Wurzeln schon bis hierher ausgestreckt hat, doch Laputa funktioniert noch.

Das Herz der Stadt besteht aus einem riesigen Levitationsstein. Und einem Altar, über den alles gesteuert werden kann.

So langsam fragt Shiita sich, wer Muska eigentlich ist. Er stellt sich jetzt vor: er ist Romuska Palo Ur Laputa und gehört damit auch zur königlichen Familie. Nur hat sein Zweig die alten Legenden nicht vergessen. Im Gegenteil. Als erstes zeigt er sich dem General und seinen Leuten, die inzwischen hinter ihm her sind, als Hologramm, bevor er sie alle zur Hölle schickt. Und er probiert auch Laputas Waffen aus. Anscheinend haben die damaligen Menschen schon vor 700 Jahren über eine Art Transformkanone verfügt, die atomare Sprengsätze ins Ziel teleportieren kann. Mit Laputa könnte Muska ohne weiteres zum Herrscher der Erde werden. Und genau das ist die ganze Zeit sein Ziel gewesen, für das er über mehr als eine Leiche gegangen ist.

Außerdem verfügt Laputa auch noch über ganze Heerscharen von voll einsatzbereiten Kampfrobotern, die sich jetzt auf die restlichen Piraten und ihr Schiff Goliath stürzen und es mit Leichtigkeit abschießen.

Das Blatt wendet sich für Muska aber, als Shiita es gelingt, sich ihrer Fesseln zu entledigen, ihm den Stein wegzunehmen und zu fliehen. Muska ist zunächst nicht weiter beunruhigt, doch Pazu hat es inzwischen auch ins Innere der Festung geschafft. Er und Shiita treffen aufeinander und sind entschlossen, Muska bis zum Letzten Widerstand zu leisten.

Für Muska ist die Sache damit kompliziert geworden, denn Pazu ist ja bewaffnet. Er selbst allerdings auch, und so haben sie ein Patt. Er gibt den beiden drei Minuten. Shiita ist entschlossen, Muska aufzuhalten. Sie flüstert Pazu die geheimen Worte des Zauberspruchs der Zerstörung zu, und dann sagen sie ihn beide gemeinsam auf.

Laputa beginnt zu explodieren. Muska findet sein Ende, Pazu und Shiita finden ihren Gleiter, und können dem Inferno auf diese Weise entkommen.

Auch die Piraten haben es geschafft, und sie mußten nicht mal mit leeren Händen gehen.

Hoch erfreut fischen sie Pazu und Shiita aus der Luft und sehen dann zu, wie der Rest von Laputa, nämlich der obere Teil mit dem riesigen Baum, in dessen Wurzeln sich der Levitationsstein verfangen hat, höher und immer höher emporsteigt und schließlich aus dem Blickfeld verschwindet.

Dann trennen sich ihre Wege.